唯识之理不仅和一般宗教哲学的认识迥然不同，更和人们的所谓常识相距甚远，这无疑会阻碍人们对唯识思想的接受。论主为了消除外人疑惑，特于本论设立解答疑难的部分，从另一个角度来成立唯识。
一、心识生起难
由一切种识，如是如是变，以展转力故，彼彼分别生。
这个偈颂要回答什么问题呢？
唯识无境，但心法的生起必须有外境，即所缘缘。如果唯识宗不承认外境，那么识的生起不就缺乏所缘缘了吗？比如说，必须看到这个茶杯，才能生起有关茶杯的认识。如果没有外境，心法又是怎么生起的呢？唯识家对此的回答是：“由一切种识，如是如是变。”心法的生起要依赖于因缘、增上缘、所缘缘和次第缘。首先是亲因缘，条件有亲有疏，一般来说，亲的是因，疏的是缘。当因缘和其他缘在一起时，因缘就是最亲的条件，增上缘则是辅助条件。因缘在唯识宗具有特定的内涵，就是种子和现行的关系。种子生现行时，种子为现行的亲因缘；现行熏种子时，现行又转而成为种子的亲因缘。所以，从哲学角度来说，唯识应属于多元论，因为八识及三性诸法都有各自的自体。但我们要知道，唯识所说的自性和中观所破的自性是不同的。唯识处处讲自性，而中观处处讲无自性，那么唯识与中观是截然对立的吗？事实上，此自性非彼自性。唯识宗所讲的自性是事物的自体，即此物简别于他物的特征，如水以湿为性，火以暖为性。而中观所破的自性，是独存而不变的自性。
“由一切种识”的一切种，是第八阿赖耶识。之所以在“识”之前加上“种”，是侧重从种子的角度来谈，因为种子是万法生起的因缘。如果说阿赖耶识是体，种子就是它的用。我们说种识，就是“摄用归体”；如果强调种子的作用，就是“依体起用”。
“如是”有众多和不断之义，而“如是如是变”则说明，精神活动及各种现象的生起皆由种子在如是变化。如果阿赖耶识没有种子的话，一切精神活动都不会产生，我们将无法思维、学习乃至说话。任何知识都是思维活动的结果，而思维活动离不开种子。我现在为你们讲解唯识，属于“种子生现行”的过程。作为你们的疏所缘缘，我说话的影像会投射到你们的认识上，而在你们的认识上自然显现出相似的相分影像。你们现在学习唯识，就播下了唯识的种子，然后在你们的思维和语言中就会出现唯识的概念。
“以展转力故”的“展转”，是指种子现行后的现行识，也就是它所呈现的见分和相分。唯识虽然没有外境，但在我们每个人的世界中还是有见分和相分。不但有见分和相分，还会将这见分和相分执以为我，执以为法。而这见分、相分和我执、法执就是种子生起的依赖。比如我们在梦中见到老虎而惊慌失措，老虎虽然是自己变现的，却能令我们惊慌失措，说明这老虎对我们还是能产生作用的。又如我们在梦中见到金钱，还是会生起贪心，说明的也是这个道理。所以，心理活动不需依赖外境就能独立完成，因为现行识的见分和相分可作为种子生起的增上缘。
“彼彼分别生”的“彼彼”为众多义，“分别”指的是“识”，因为识是以分别为特征。第六意识具有内转的作用，无须依赖外境就能完成。所以说，即使在没有面对外境时，我们一样可以独自冥想，思绪万千。
二、生死相续难
由诸业习气，二取习气俱，前异熟既尽，复生余异熟。
这个偈颂认为，有情的生死是因为起惑造业，而起惑造业有相应的对象和外境。我们对什么感到迷惑？如果没有外境，起惑应不能成立。造业也是同样，以杀生为例，如果没有外境的话，我们杀了什么？造业也应不能成立。但没有起惑造业的话，有情的生死相续又怎么建立呢？这个偈颂所要解答的，也是一个非常尖锐的问题。
有情的生死相续主要是两种习气构成。习气由种子熏习而来，即意识在思维活动过程中残留的痕迹。在我们生命中有两类种子，其中，等流种子相当于质料因，异熟种子相当于动力因。由此分别熏习成异熟习气和等流习气，又名业习气和二取习气。
二取为能取和所取，也就是能认识和所认识。能认识的是见分，所认识的是相分。二取习气是能认识和所认识的一切法生起之因，也就是八识三性。那么，宇宙万法是否都由我们的种子所生？事实上，每个人所说的宇宙万法，只是自己认识中的世界。我所说的是我认识的，你们所说的是你们认识的。我的能认识和所认识，就是我的宇宙万法。你们的世界，并非我的唯识所变，十方世界更非我的唯识所变。
众生的妄识各个不同，有些人心念力量极大，有些人心念力量很小。其实，蚊子、苍蝇也有八识五十一心所，但和我们的八识五十一心所力量不同，和佛菩萨更不同，这是不同生命素质决定的。同样是人，每个人认识的世界却存在差异，这就取决于各自的认识及生命中潜藏的种子。
种子是生命延续的亲因缘。佛教中，通常是以十二因缘说明有情生命延续的规律，也叫“十二有支”。关于十二因缘，唯识宗是以二世一重因果进行分析，不同于有部所说的三世二重因果。所谓三世，即过去、现在、未来；而二世或是过去和现在，或是现在和未来。
唯识宗又将十二因缘分为能引、所引和能生、所生四个部分：无明、行是能引支，识、名色、六入、触、受是所引支，爱、取、有是能生支，生、老死是所生果。
第一支为无明，是和前七识相应的痴心所，在第七识的意义上属于不共无明。凡夫的生命始终处于无明状态中，不论行善还是作恶，皆不例外。只有在见道后，才能打破无明状态。而在此之前，无明和第七识的相应从未间断，即《摄大乘论·所知依分》所说的“俱行一切分，为不共无明”。无明也和前六识及其他烦恼相应，使我们造业并熏习成业种子，这就是行支。而识、名色、六入、触、受，指的是五种名言种子，是无始以来熏习而成。从业种子和名言种子到生死流转，还需要爱取有的力量。以爱取有为土壤，业种子和名言种子才能得以生长。爱和取的区别在于，爱是下等的贪，而取是上等的贪，因为有爱才想要占有它、获取它。也只有在爱取的滋润下，业种子和名言种子才会导致有情的生死相续，所以爱取有是能生支。唯识宗认为，有了现在的无明等因缘，才有未来的生和老死。而十二因缘中的无明、行、识、名色、六入、触、受、爱、取、有十支都是因，只有生和老死两支才是果。这便是两世一重因果。
“前异熟既尽，复生余异熟”是说，一期生命结束了，接着又导致下一生。如此生生不已，永远没有间断。在生命延续的过程中，业种子和名言种子的作用是不同的。前者有寿尽相，作用是有限的；后者没有寿尽相，作用是无限的。业种子又有共业、不共业及引业、满业之分，决定了一期生命的长短及健康状况等等。一期生命形式结束，旧有的业种子不再发生作用。新的业种子和业缘又继续成熟，招感下期生命的果报体。正是不同的业种子，推动我们不断地生天或做人，在六道生生不息地流转，所谓“业力无尽、生死无穷”。那么，我们是否要将业力偿还干净之后才能了生死呢？如果那样的话，我们恐怕永远无法从生死中解脱。十二因缘中，爱取有是重要的一环，如果没有它们作为土壤，即使业种子还存在，却无法继续产生作用。所以说，断除爱取有的力量，是修行中需要把握的关键所在。
三、唯识所因难
那么，唯识的成立有没有经教为依据呢？
唯识论师对此的回答是：教证虽多，兹且引六经，以四个比量而证成之。在所引的六部经典中，第一是《十地经》，即《华严经·十地品》，经曰：“若人欲了知，三世一切佛，应观法界性，一切唯心造。”说明十方三世一切佛的成就，及十法界的有情都是唯心所造。第二是《解深密经》，经曰“识所缘唯识所现”，说明识所缘的一切对象都是唯识变现的。第三是《楞伽经》，经曰“诸法皆不离心”，说明一切法都没有离开我们的心。第四是《无垢称经》（即《维摩经》异译），经曰“有情随心垢净”，也就是我们非常熟悉的“心净则国土净”。众生心中充满污垢，因而招感五浊恶世；而佛菩萨心中清净无染，因此成就净土庄严。第五是《阿毗达摩经》，经曰“菩萨成就四智，能随悟入唯识无境等”，无境就是没有心外的实我和实法，当菩萨成就四种智慧之后，就能悟入诸法唯识的境界。第六是《厚严经》，也就是《大乘密严经》，经曰“心意识所缘，皆非离自性，故我说一切，惟有识无余”，说明心意识所缘的对象都没有离开识。
类似内容在经典中还有很多，这儿列举的只是一些代表性的经文。此外，还有四个比量：
第一是“极成眼识定不亲缘离自色境，五识随一摄故，如余四识”。
第二是“极成意识定不亲缘离自诸法，了别性故，如眼等识”。
以上二量说明，无论是眼识还是意识，都不会去缘认识以外的色境。玄奘大师提出的“真唯识量”也是建立在这一基础上，即前五识不会去缘五识以外的色声香味触法，意识也不会去缘意识以外的诸法。
第三是“六识亲所缘定不离六识，能所缘中随一摄故，如能缘”。
第四是“六识亲所缘定不离六识，所缘法故，如相应法”。
以上二量说明的道理和前面是一致的，前者是不缘识以外的境，后者所缘境不离能认识的心。而能认识和所认识是一体的，既然是所认识的对象，一定没有离开能认识的心。
正因为如此，所以玄奘三藏依此论意，立一比量云：“真故极成色不离眼识，自许初三摄，眼所不摄故，犹如眼识。”“初三”指的是六根、六尘、六识前面的三种，也就是眼根、色尘、眼识，“眼所不摄”指的是眼识而非眼根。也就是说，一切色境都没有离开我们的眼识，而不是眼根的作用。根据这一比量界定，一切现象皆唯识所现。